Après la chute du régime du Maréchal Mobutu et l'arrivée d'un nouveau pouvoir à Kinshasa, une mission d'identification s'était rendue en République Démocratique du Congo pour se mettre à l'écoute des Autorités du pays : l'APEFE avait pour objectif de favoriser un nouveau développement social de ce pays en appuyant un enseignement et une formation de qualité et en favorisant la consolidation de la société par des actions plus particulières.

Ce rapport concluait que la stratégie à suivre devait permettre d'aider les nouvelles Autorités du Ministère de l'Education Nationale à clarifier leurs objectifs et leur stratégie de mise en oeuvre de la réforme dans un domaine spécifique qui apparaît comme prioritaire : celui de l'enseignement technique et de la formation professionnelle.

La guerre qui a ravagé le pays depuis lors a limité nos ambitions. En collaboration avec l'Agence Universitaire de la Francophonie, une coopérante est arrivée, en septembre 1999, à Kinshasa pour appuyer l'ouverture d'un centre « Syfed-Refer » (Système francophone d'édition et de diffusion SYFED et Réseau électronique francophone pour l'éducation, l'économie, l'entreprise et la recherche REFER). Celui-ci reliera les institutions de la capitale aux réseaux de formation internationaux. Cette coopérante devait permettre aussi à l'APEFE d'être mieux à l'écoute des besoins en formation actuels. Pour des raisons liées à des difficultés internes dues à l'institution partenaire, la coopérante a préféré démissionner et revenir en Belgique en décembre 1999.

L'association venait ici en appui à l'Agence Universitaire de la Francophonie (AUF), en mettant à disposition une coopérante afin de favoriser l'accès à l'information scientifique et technique et permettre la production de celle-ci au Sud.

Vu les circonstances locales incertaines et la nouvelle situation créée par le départ de la coopérante, une solution de remplacement n'a pu être trouvée à ce jour.

En République Démocratique du Congo, l'APEFE ne bénéficie pas de la présence d'un coordonnateur mais s'appuie sur les service de la Délégation de la Communauté française à Kinshasa.